Vojska pod vođstvom Sulejmana Veličanstvenog, 28. avgusta 1521. je osvojila Beograd od Mađara, što je označilo pad grada pod Otomansko carstvo. Turci Osmanlije nakon toga naseljavaju srušen i spaljen grad, postepeno ga pretvarajući u kitnjasti orijentalni grad, čija je panorama sa mnogobrojnim munarama izdaleka oduševljavala mnoge evropske putnike tog doba. Oko 1571. godine u Beogradu je bilo 27 naselja (mahala). Grad je 1594. zahvatila velika srpska pobuna (Banatska pobuna) koju su Turci uspeli da uguše, spaljene su mnoge crkve, relikvije i mošti Svetog Save na Vračaru. Upravo zvog toga je ovo mesto odabrano za gradnju Hrama Svetog Save.
Beograd u XVI veku
Sledećih 150 godina grad je bio miran, a bio je i važno sedište okruga (Smederevskog sandžaka, poznatog i kao Beogradski pašaluk), povezan sa Istambulom Carigradskim drumom. Privukao je mnoge trgovce i stanovnike — Turke, Jermene, Grke Rome i ostale. Prema osmanlijskom putopiscu Evliji Čelebiji, koji je boravio u Beogradu 1660. godine, Beograd je tada imao oko 98.000 stanovnika, od kojih 21.000 nisu bili Muslimani. Postao je više od običnog grada, sa islamskom arhitekturom, javnim kupatilima i mnogim novim džamijama. Beograd je već koncem 16. stoleća, po svojoj lepoti i veličini, u mnogome nadmašivao Budim, Sofiju, Sarajevo, Skoplje i mnoge druge gradove evropskog dela Otomanskog carstva. Kako saznajemo iz Putopisa Evlije Čelebije, u vreme kada je on boravio u Beogradu 1660. godine, u gradu je bilo čak sedamnaest derviških tekija u kojima su se izučavala dela velikih sufijskih mislilaca. Pretpostavlja se da je bio zastupljen veliki broj derviških bratstava, uključujući bajramije, melamije, bektašije, halvetije, gulšenije, kadirije, hindije, mevlevije, nakšibendije, rifaije, sadije, sunbulije, šabanije, šazilije i ušakije. Isti Putopis nam prenosi da su u Begradu, u vreme Otomanskog carstva, postojale 273 islamske bogomolje, džamije i mesdžidi. Najvećom i najlepšom smatrana je Batal džamija, koju su putopisci upoređivali sa Aja Sofijom. Nalazila se na mestu današnje Savezne skupštine, a pored nje je bilo groblje na kome su sahranjivani viđeniji Turci.
Austrijsko osvajanje Beograda: 1717 Eugen Savojski, za vreme Austrijsko-Turskog rata 1716-18
Beograd je tri puta od Turaka osvajala Austrija (1688—1690, 1717—1739, 1789—1791), a Osmanlije su ga ponovo zauzimale, uz velika razaranja. Beograd postaje ”Darol-džihad” – Mesto ratova, kako su ga Osmanlije tada nazivale. Tokom ovog perioda, grad su zahvatile dve velike seobe Srba, u kojima su se stotine hiljada Srba, predvođenih patrijarsima, povlačili zajedno sa Austrijancima u Habzburško carstvo 1690. i 1737—39, gde su se naselili u današnjoj Vojvodini i Slavoniji.
Nakon turskog poraza pod Bečom, septembra 1688. godine, Austrijanci su zauzeli Beograd. Prilikom prvog austrijskog osvajanja (1688-1690) mnoge džamije su porušene, a one koje su preostale, pretvorene su u hrišćanske crkve. Nakon toga, za vreme ponovne kratke osmanlijske vladavine (1690-1717.) mnoge džamije su obnovljene, a neke su iz temelja izgrađene. Kada je vojska Austrijskog carstva (u čijem su sastavu bili vojnici raznih narodnosti: Nemci, Francuzi, Italijani, Švajcarci, Portugalci, Španci, Mađari i drugi), pod zapovedništvom nadvojvode Evgenija Savojskog po drugi put osvojila Beograd (1717-1739) porušili su minarete džamija beogradske tvrđave, kako bi panorama grada izgledala više evropska. Mnoge džamije su pretvorene u crkve raznih hrišćanskih redova koji su došli zajedno sa vojskom i doseljenicima: trinitarci, franjevci, jezuiti, minoriti i Jermeni katolici. Ostale sačuvane džamije su upotrebljene za vojne magazine, trgovine i nastambe. Tada u Beogradu nije ostalo muslimanskog stanovništva, jer su se povukli usred najezde. Posle pobede nad austijskom vojskom 1739. godine kod Grocke, Osmanlije su ponovo zagospodarile Beogradom, i njime vladale narednih 50 godina (1739-1789. godine). Za to vreme su popravili mnoge oštećene džamije i povratili u prvobitno stanje mnoge pretvorene u crkve. Prema nekim savremenicima, u Beogradu je 1780-tih godina bilo 50-ak džamija. U toku velikih borbi za Beograd 1739. godine, stradalo je oko 30 džamija. U planu Beograda, kojeg je izradio austrijski potporučnik Bruš 1789. godine, ucrtano je 15-ak džamija. Taj se broj džamija uglavnom održao do Prvog srpskog ustanka.
U Prvom srpskom ustanku tokom borbi za oslobođenje Beograda 1806. godine, mnoge džamije su stradale, a one preostale bile su pretvorene u bakalnice, u nekim su držane svinje, jedna je bila pretvorena u pravoslavnu crkvu, a neke su određene turskim ženama za stanovanje. Ustanici su držali grad od 8. januara 1806. do 1813, kada su ga ponovo zauzele Osmanlije. Povratkom Osmanlija dolazi do obnavljanja nekih oštećenih džamija. Srpske vlasti su 1836. godine popisale džamije u Beogradu, i u tom spisku se nalazilo 16 džamija. Iseljenjem "turskog" življa iz Beograda 1867. godine (među kojima je veliki broj bio slovenskog porekla) započeo je žalosni kraj beogradskih džamija. Kako navodi Feliks Kanic ”gde kad bi noću slučajno eksplodirale mine rušeći džamije koje su ometale regulaciju”. Danas je jedina preostala Bajrakli džamija na Dorćolu.
